Raras

rarasai/raras

This connects Claude to Brazil's rare disease knowledge graph covering 10,468 conditions via a streamable HTTP endpoint at raras.org. Each disease is addressable as a Disease Twin using Orphanet codes, exposing genes, HPO phenotypes, SUS coverage status, clinical trials, literature-mined treatments, and drug repurposing hypotheses. Content is Portuguese-first and source-grounded. It's designed for clinical researchers, patient advocates, and anyone building tools around rare disease information in Brazil. The server explicitly avoids diagnostic claims. You can connect without installing anything locally by pointing Claude at the public read-only endpoint, or drop the included skill file into your Claude skills directory.

tools: 20
transport: HTTP
last updated: May 21, 2026

View on GitHub

Install

From registry metadata

$ npx add-mcp https://raras.org/api/mcp --name raras

Run in your terminal. add-mcp asks which agents to add it to (Claude Code, Codex, Cursor and more). Add -g to install it for every project.

Review the command, arguments and environment values before installing. MCP servers run with your local permissions.

Other ways

Claude Code

$ claude mcp add --transport http raras https://raras.org/api/mcp

Run in your terminal. Add --scope user to make it available in every project.

Tools

Verified live · 20 tools

Verified live against the running server on Nov 6, 2026.

search_diseasesFull-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials.4 params

Full-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials.

Parameters* required

filter_has_active_trialsboolean

filter_has_sus_coverageboolean

limitinteger

default: 10

query*string

get_disease_detailFenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT.1 params

Fenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT.

Parameters* required

orphaCode*string

find_diseases_by_phenotypesMatch por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial.2 params

Match por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial.

Parameters* required

hpo_ids*array

limitinteger

default: 10

search_phenotypesLookup HPO em PT-BR (encoder Araras-HPO-Brasil + léxico leigo) ou EN (vocabulário HPO). Retorna IDs HP: com estado de asserção: termo NEGADO ("nunca desmaiei") NÃO vira fenótipo. Outros idiomas não são cobertos. Limite de taxa: use poucas chamadas por minuto (429 = espere).2 params

Lookup HPO em PT-BR (encoder Araras-HPO-Brasil + léxico leigo) ou EN (vocabulário HPO). Retorna IDs HP: com estado de asserção: termo NEGADO ("nunca desmaiei") NÃO vira fenótipo. Outros idiomas não são cobertos. Limite de taxa: use poucas chamadas por minuto (429 = espere).

Parameters* required

limitinteger

default: 15

query*string

get_sus_coverageCEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração.1 params

CEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração.

Parameters* required

orphaCode*string

find_reference_centersCentros por doença e/ou UF, com CNES.3 params

Centros por doença e/ou UF, com CNES.

Parameters* required

limitinteger

default: 20

orphaCodestring

statestring

find_active_trialsTrials ativos com filtro Brazil.3 params

Trials ativos com filtro Brazil.

Parameters* required

in_brazil_onlyboolean

default: false

limitinteger

default: 15

orphaCode*string

find_similar_diseasesVector similarity via embeddings SOTA.2 params

Vector similarity via embeddings SOTA.

Parameters* required

limitinteger

default: 10

orphaCode*string

find_phenotypically_similarDoenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico).2 params

Doenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico).

Parameters* required

limitinteger

default: 10

orphaCode*string

get_graph_statsContagens e métricas do dataset.

Contagens e métricas do dataset.

No parameters. Call it with no arguments.

search_papers_semanticBusca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas.3 params

Busca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas.

Parameters* required

limitinteger

default: 10

min_scorenumber

default: 0.8

query*string

find_papers_for_diseaseLiteratura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial).3 params

Literatura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial).

Parameters* required

limitinteger

default: 10

min_scorenumber

default: 0.8

orphaCode*string

analyze_clinical_caseCaso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.3 params

Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.

Parameters* required

case_description*string

diseases_limitinteger

default: 5

papers_limitinteger

default: 5

get_schemaNode labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query.

Node labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query.

No parameters. Call it with no arguments.

explain_relationRaciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna caminhos de evidência multi-hop (doença↔gene↔via↔droga↔fenótipo) com proveniência citável. Se não houver caminho no...3 params

Raciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna caminhos de evidência multi-hop (doença↔gene↔via↔droga↔fenótipo) com proveniência citável. Se não houver caminho no...

Parameters* required

hpo_idsarray

max_hopsvalue

default: 2

query*string

get_literature_relationsRelações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como proveniência. Filtrável por predicado.2 params

Relações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como proveniência. Filtrável por predicado.

Parameters* required

orphaCode*string

predicatestring

one of associate · treat · cause · inhibit · stimulate · prevent

get_hypothesesCandidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com esta. HIPÓTESES para investigação, NUNCA recomendações clínicas — cada uma rastreável (via gene X, da doença Y).1 params

Candidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com esta. HIPÓTESES para investigação, NUNCA recomendações clínicas — cada uma rastreável (via gene X, da doença Y).

Parameters* required

orphaCode*string

get_research_logRegistro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, recomputação de relações. Prova de que o gêmeo digital estuda a doença continuamente.1 params

Registro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, recomputação de relações. Prova de que o gêmeo digital estuda a doença continuamente.

Parameters* required

orphaCode*string

get_recent_updatesDoenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (substituto stateless de subscriptions).2 params

Doenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (substituto stateless de subscriptions).

Parameters* required

daysinteger

default: 7

limitinteger

default: 20

get_evidenceCross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar".1 params

Cross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar".

Parameters* required

orphaCode*string

Readme

Raras Disease Twin — MCP Server

Brazilian rare-disease knowledge graph (10,468 diseases) exposed via the Model Context Protocol (MCP). Each disease is an addressable Disease Twin (disease://{orphaCode}): genes, HPO phenotypes, SUS coverage, clinical trials, literature-mined treatments, repurposing hypotheses, and grounded multi-hop reasoning — PT-BR first, source-grounded, never diagnoses.

Connect (no install)

Remote endpoint: https://raras.org/api/mcp (Streamable HTTP, public, read-only)
Claude Code: claude mcp add --transport http raras https://raras.org/api/mcp
claude.ai / Desktop: Settings → Connectors → Add custom connector → paste the URL
Docs: https://raras.org/mcp

Skill

SKILL.md is an installable Claude Skill — drop it in .claude/skills/raras-disease-twin/.

License

Data: CC-BY-4.0 · Code: MIT · https://raras.org

Details

Repository: github.com/rarasai/raras
Website: raras.org/mcp
Category: Documents & Knowledge
Transport: HTTP
Registry: MCP registry, active
Prompts: 1
Tools verified: Nov 6, 2026

Raras

Install

Tools

Readme

Raras Disease Twin — MCP Server

Connect (no install)

Skill

License

Details

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